醫療污水中含有大量的病菌種類，成分比較復雜，對人的身體健康會造成較為較大危害。醫療污水在排入到城市管道污水網前，需要進行工藝處理，才能達到國家規定的排放標準。
目前，在處理醫療廢水過程中比較常用的方法有物理法、化學法、生物法三大種類。醫療污水處理工藝選擇，通常依據污水排入的受納水體而定，醫療污水排放的去向主要分為自然水體和市政管網兩大類，在具體處理過程中：
如果污水排入有集中污水處理站的城鎮排水系統時，可采用一級處理或一級強化處理工藝，從而確保醫療污水的水質能夠達到排放標準。
如果醫療污水被排放到無集中污水處理站的城鄉排水系統的水域中時，必須對污水的物理性、化學性、生物性以及有害物質進行處理，通常在處理過程中采用二級處理方式。
一級處理的一般流程就是污水在經過化糞池后再進入到調節池，療機構。二級處理，通常采取的處理方式是生物與生物聯用。醫療污水經二級處理后進入到混凝沉淀池中進行沉淀，最后消毒，達到相關規定的標準，一級處理水最終進入到二級處理城市污水廠。三級處理即消毒處理，通過消毒將醫療污水中大量致病菌殺死，改善污水的水質，在醫療污水處理過程中，要依據實際情況選擇合適的處理方式。
醫療污水的處理十分復雜，由于不同的醫療污水的處理工藝有所差別，下面主要針對污水中含有害物質是較多的醫療污水的處理技術進行介紹。該處理方式為物理化處理+水解酸化+膜生物反應器(MBR)+接觸消毒工藝。在應用該方式對醫療污水處理過程中需要應用到格柵井、調節池、水解酸化池、MBR生物膜池、接觸消毒池、在線監控裝置，具體情況如下：
1.格柵井：在池中設置粗、細格柵。粗格柵主要作用是對污水中的雜物、懸浮物進行攔截；細格柵的主要作用是攔截池中的毛發、細小顆粒等物質，經格柵處理后的污水流入調節池。
2.調節池：調節池主要起到廢水均質均量作用。在污水處理過程中，需要對污水的水質和水量進行科學調節，實現對廢水的均化，從而有效的避免在醫療污水處理過程中出現較大死水區域，通過對污水進行均質均量后，經污水泵將污水輸送到水解酸化池。
3.水解酸化池：在兼氧微生物作用下使難以被生物降解的復雜化合物發生分解反應，從而轉變小分子微生物，水中難以分解的化合物較少，從而使污水中的可生化性得到了進一步提高。經水解酸化后的出水自流入到MBR生物膜池中。
4.MBR生物膜池：通過MBR膜組件進行過濾吸附處理，由羅茨鼓風機向廢水中供氧，在充足的溶解氧條件下，利用懸浮狀態下活性污泥形成的混合液對污水中的污染物進行降解和吸咐，同時膜分離設備將池中的活性污泥和大分子有機物質截留住，大大強化了生化池的效果，使廢水得以凈化，從而實現固定分離和高效降解效果，有效去除污水中的微生物有機物、懸浮物、顆粒雜質等。MBR生物反應池出水將流入到消毒池中。
5.排水消毒處理系統：主要包括二氧化氯發生器、消毒池、排水系統。在消毒池中通過二氧化氯發生器進行加藥消毒后流入到清水池，利用排水系統完成相應的排水操作。通過以上裝置對醫療污水進行處理，則可以滿足相應的標準要求。
