近幾年，隨著醫院污水排放標準的不斷提高，國內部分城市開始著手改進原有的處理工藝或優化處理工藝，使污水排放達到新的排放標準。但是，由于經濟條件的限制，有相當一部分省市的醫院污水排放標準不高，醫院污水處理工藝相對落后。而選用自動化的操作管理，處理效果好、投資少、占地少，是大勢所趨。
1、一級。醫療廢物一級處理工藝適合于污水排放到市政排水系統的醫院，特別是一些綜合性醫院。常用的方法有一級沉淀、沉淀法。從我國目前的情況來看，大部分城市醫院污水處理后排入城市下水道，所以一般只進行一級處理。但是，隨著醫院污水排放標準的提高，為確保處理后出水質量，部分大城市醫院也積極采取了二次處理。
2、二級處理。二級醫院廢水一般采用生物處理，常用的處理方法有生物轉盤、生物接觸氧化法、射流曝氣法、氧化溝技術、塔式生物濾池等。這類工藝為生物氧化，一般采用鼓風曝氣，機械曝氣等。這就使得污水中的大量微生物吸附和氧化污水中的有機物等有害物質。二次處理工藝適用于醫院污水排放地表水的情況，能綜合處理污水的生物污染、理化污染及有毒有害物質。生化氧化出水水質良好，但產生的污泥量大，需要進行污泥處理，增加了處理工藝和成本。與此同時，曝氣會對大氣產生二次污染：另外，生物法處理的污水停留時間長，工藝設備面積大等缺點。為此，大部分醫院對原有工藝或新建的污水深度處理方案進行改造，提高出水水質，使之達到排放標準。
3、消毒處理。醫療廢水消毒有多種方法，大致可分為物理法和化學法。物理法有輻射法、紫外法、加熱法和冷凍法。醫療廢水處理中，一般都是采用物理消毒方法，污水處理效果往往不像化學方法那么明顯，但該方法具有不產生二次污染的突出優點。紫外光滅菌是一種常用的物理方法，具有設備簡單、維修方便、無二次污染等特點。其缺點是污水的預處理要求嚴格，處理水量少，容易受到有機物的干擾，不能持續消毒。醫療廢水的化學處理方法主要有：鹵素、臭氧、重金屬離子、陽離子型表面活性劑。
當前，我國醫院污水消毒主要使用漂白粉、液級硫代硫酸鈉等。醫療廢水的處理主要有：常規處理、生物接觸氧化、AB等。每一種方法都有各自的優缺點，應根據情況選用。
