因含放射性廢水，醫院污水處理前必須進行處理，廢水中含有化學物質和病原菌，尤其是肝炎等傳染病病房排出的污水，必須消毒后才能排放。對沒有集中醫院污水處理設施的醫院，對感染性糞便要進行消毒、無害化處理。
醫院污水處理原理：
1.全程控制的原則。全程控制醫院污水的產生、處理及排放。
2.簡化的原則。強化內部衛生安全管理體系，嚴格污染水源的控制與分離，不允許醫院污水和污水隨意排放到下水道，醫院生活污水和病房廢水分別收集，即從源頭控制、清潔、污水分流。
3.局部處理原則。為了防止醫院污水處理過程中產生的污染和危害，必須在醫院進行局部處理。
4.分類指導原則。從醫院的規模、性質、廢水的去向及地區差異出發，對醫院污水處理進行分類指導。
5.契約原則和風險控制相結合。強化風險控制意識，充分考慮醫院及傳染病醫院污水排放的基本要求，從技術、工程建設、監督管理等方面提高應急處理能力。
6.生態安全原則。它可以有效地去除污水中的有毒、有害物質，控制廢水余氯超標，減少消毒副產物的產生，保護生態環境安全。
醫用污水曝氣式生物濾池的處理方法：醫院污水主要來源于洗衣房、實驗室、病房、診所、手術室、食堂、行政樓、宿舍樓等污水排放。污染物質主要是有機污染物，致病菌。當前，醫院污水只能通過網格除渣進行消毒排放。除去除有機物外，余氯、細菌指標均符合要求，但未清除有機物。為達到綜合要求，醫院增加了曝氣生物濾池處理污水的工藝。因醫院污水處理廠占地面積小，且水中含有一定量消毒劑，因此決定采用大面積、高負荷曝氣生物濾池工藝，對進水有機物濃度適應性較低。
用氯化法處理醫院污水：
(1)次氯酸鈉法。次氯酸鈉是一種常用的化工試劑，運輸、貯存及采購方便。次氯酸鈉可消毒殺菌，可溶于水中生成次氯酸鹽離子，但穩定性差，消毒效果差。
(2)液氯法。液氯能迅速生成水中次氯酸鹽離子。可用于醫院污水消毒處理。其有效氯含量是次氯酸鈉溶液的5-10倍，殺菌能力強，價格低廉。氯氣是一種有刺激性的有毒氣體，應存放在專門的儲存裝置內
